如何在Ensembl数据库里找到一个基因的mRNA序列

1、打开NCBI主页 2 左边search里面选择GENE 右边的对话框里输入你想要的基因名称 3 在出来的所有条目第一行后面都有种属表明，比如Homo sapiens是人Felis catus是猫。选择你想要的种属。

2、在NCBI上查找基因的mRNA序列。Messenger RNA (mRNA）——信使核糖核酸信使核糖核酸 携带遗传信息，在蛋白质合成时充当模板的RNA。信使RNA 从脱氧核糖核酸（DNA）转录合成的带有遗传信息的一类单链核糖核酸（RNA）。

3、Ensembl http：// 选择物种，搜索基因。点击进入基因的summary页面。点击左侧sequence，得到序列信息。

4、打开Pubmed后，在最顶上的下拉框中选中nucleotide， 然后输入基因的名称，这样查出来的一般是mRNA序列 如果在下拉框中选Gene，则查出来的一般是该基因的其他信息。注意，结果一般会有好多，选中你要的种属。

5、在NCBI上的OMIM数据库输入基因名，在TITLE上就会显示它的学名。 用学名检索基因是比较靠谱的。建议用ENSEMBL找基因，显示其外显子和内含子。

蛋白ID转基因ID

将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID，可以通过clusterProfiler这个包。

ID蛋白最初于1990年在鼠的红细胞系中分离获得，属螺旋-环-螺旋(helix-loop-helix，HLH)转录因子家族，因其能抑制核转录因子与DNA结合而被命名为ID蛋白。

参考： https：// 蛋白质组学的输出结果是如下一些ID，如果要做KEGG分析的话，需要将其转换为entrezgene_id，如：57874。

如何获取目标基因的转录因子(上)

转录因子是起正调控作用的反式作用因子，是一类蛋白分子， 它能通过与基因上游5’ 端特定序列专一性结合的方式来使目的基因顺利表达。在转录起始过程中，可调控RNA 聚合酶与DNA模板的结合。

通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。通过qPCR或二代测序，筛选与目的蛋白互作的DNA信息。

基因的表达驱动着一系列的细胞活动，这些表达的调控需要通过转录因子(蛋白)和转录因子结合位点(DNA元件)的相互作用实现。

怎么证明一个蛋白是转录因子 从你的描述来看，是要做功能研究。有这样几个思路： 第一，先分析该蛋白的氨基酸序列，看有无DNA结合区。和其他的转录因子有无功能同源区。 第二，证实该蛋白有转录活性。

转录因子(transcription factor)是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。

如何用ensembl查找启动子

1、首先，需要确定目标基因的位置和长度，然后找到该基因在GenBank或Ensembl数据库中的序列。

2、使用者将被带到一个标题为Get Genomic Sequence Near Gene的查询页面，在这个页面上，可以获得转录物、编码区、启动子或转录物加启动子的序列。点击Transcript返回的页面显示完整的转录子，外显子以大写字母表示。

3、登陆ncbi主页，选择Gene数据库（不建议选All database），在搜索栏中输入“Sus scrofa domesticus mitochondrion”，单击搜索即可。你可以看一下截图。

使用Ensembl查找基因启动子序列

首先，需要确定目标基因的位置和长度，然后找到该基因在GenBank或Ensembl数据库中的序列。

Genscan Gene Predictions路径由GENSCAN方法衍生而来，通过这个方法，可以确定内含子、外显子、启动子区域和poly(A)信号。

建议用ENSEMBL找基因，显示其外显子和内含子。进入ENSEMBL的方法有两种，NCBI上进入基因的检索条以后，summary里会有相应的ENSEMBL的链接（see related）；直接进入ENSEMBL主页检索该基因。

如何在NCBI上找某个基因的mRNA序列1打开NCBI主页2左边search里面选择GENE右边的对话框里输入你想要的基因名称3在出来的所有条目第一行后面都有种属表明，比如Homosapiens是人Feliscatus是猫。选择你想要的种属。

打开拟南芥基因组网站（例如，https：//）并进入“Gene Models”选项卡。 输入您要查找的基因名称，并选择“Gene Structure”选项卡。 找到基因的结构图，并单击打开。

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